どちらで行ってもかまいません。
所属部門編成は、納付情報以外が移動されます。
クラス替えがなければ、所属部門編成で行う方が簡単です。
インポートは、まっさらな状態になるので納付設定等の登録が必要になります。
在園児のクラス替えがある場合にインポートでの部門分けをおすすめします。